ఔరంగజేబు తన 88వ ఏట 1707లో మార్చి 3న మహరాష్ట్రలోని అహ్మద్‌నగర్‌లో మరణించాడు. మృతదేహాన్ని ఖుల్తాబాద్‌లో తన గురువు సయ్యద్ జైనుద్దీన్ షిరాజ్ సమాధి పక్కనే ఉండాలని వీలునామాలో రాశాడు.
ఔరంగజేబు తన చివరి క్షణాల్లో తన కుమారుడు ఆజం షాకు లేఖ రాసి తన చివరి కోరికలను చెప్పారు. చనిపోయిన ప్రదేశానికి సమీపంలోనే ఖననం చేయాలనుకున్నాడు.
'నా పాలనలో ప్రజల పట్ల నేను వ్యవహరించిన తీరును బట్టి నాకు నీడనిచ్చే అర్హత లేదని, అందుకే నా సమాధిపై ఎలాంటి భవనాన్ని నిర్మించవద్దని' లేఖలో రాశారు.
ఔరంగజేబు తన మరణానంతర పని మొత్తం తాను క్యాప్స్ కుట్టి సంపాదించిన నాలుగు రూపాయల రెండు అణాలతో పూర్తి చేయాలని కోరిక.
ఔరంగజేబు లేఖలో, 'నేను ఖురాన్ రాసి దాని ప్రతులను విక్రయించాను, దాని నుండి నాకు రూ. 305 వచ్చింది, దానిని పేద ఖాజీకి పంచాలని కోరారు.
ఔరంగజేబు తనను పాతిపెట్టేటప్పుడు తన ముఖాన్ని కప్పి ఉంచకూడదని, తద్వారా అతను అల్లాను ఓపెన్ ముఖంతో ఎదుర్కోవాలని కోరుకున్నాడు.
'నా మరణంపై ఎలాంటి ప్రదర్శన, సంగీతం, వేడుకలు చేయడకూడదు' అని పేర్కొన్నారు. ఔరంగజేబు చాలా సామాన్యం ఖననం చేయబడ్డాడు.
1705వ సంవత్సరంలో, ఔరంగజేబు దక్కన్ పర్యటనలో ఉన్నాడు. అక్కడి నుండి 1707 నాటికి అతని ఆరోగ్యం క్షీణించడం ప్రారంభించింది.
ఔరంగజేబు మరణానంతరం, అతని కుమారుడు ఆజం షా అతన్ని మహారాష్ట్రలోని ఖుల్దాబాద్ (ప్రస్తుత ఔరంగాబాద్)లోని షేక్ జైనుద్దీన్ సాహిబ్ దర్గా సమీపంలోని సమాధిలో పాతిపెట్టాడు.